Olimpiyat Stadı'nda Covid-19 salgını nedeniyle seyircisiz gerçekleşen törende tüm ülkelerin bayrakları sporcuları tarafından saha ortasına getirildi. Türk bayrağını oyunlarda altın madalya kazanan milli boksör Busenaz Sürmeneli taşıdı.  Daha sonra, müsabakaları bittikten sonra Tokyo'dan ayrılmayan sporcular sahaya çıkarak kapanış törenine katıldı. Japon şarkıcı Milet'in minik bir konser verdiği tören, müzik, dans, sahne ve havai fişek gösterileriyle devam etti. Tokyo'da görev yapan gönüllülere de plaket takdim edildi.

Olimpiyat bayrağı, oyunlar 2024'te Paris'te düzenleneceği için Fransa'ya teslim edildi.